DNA操作により作り上げられた最高の暗殺者エージェント47。感情も恐怖もなく、与えられたミッションを完璧に遂行するエリート暗殺者。そんな彼の新たな任務が、48時間以内に邪魔者を消し、カティアという名の女性を見つけること。時を同じくして、シンジケート社もまた、彼女を捜し出そうとドイツにひとりの男を送り込む。男はカティアを見つけ出し、「47が君を殺しに来る。助けられるのは僕だけだ」と告げるが、そこに銃を手にした47が現れ、壮絶で華麗なバトルが幕を開ける。訳も分からず危険へと巻き込まれていくカティア、執拗なまでに彼女を追い続ける男と47――ふたりは彼女の敵なのか、味方なのか? 彼らの狙いは何なのか? そして、彼女は一体何者なのか……?