湖水地方を飛び出したピーターはひとり大都会へ。そこで出会った、ピーターの父親の親友だったと語るバーナバス。 都会でタフに生き抜くバーナバスに父親のような頼もしさを感じるピーター。しかし、人間に恨みを抱くバーナバスは、人家の冷蔵庫から野菜や果物を盗み、都会の動物たちを組織して人間への復讐の機会をうかがっていた。ある日、バーナバスはイギリス中から市場に集まった最高級ドライフルーツの強奪作戦を計画する。認めてもらいたいピーターは、湖水地方にいる妹や動物の仲間たちをメンバーに加え作戦に参加する。作戦が成功したかに見えたその時、人間に捕まってしまう妹と仲間たち一。 最大のピンチにピーターの前に現れたのは...まさかのマグレガー!?