世界中で愛される青いハリネズミが帰ってきた! 強大な破壊力を持つエメラルドを狙うドクター･ロボトニックが、ナックルズと手を組んで再び襲来。計画を阻止して地球を救うため、ソニックは新たな相棒テイルスと旅に出る。