強力な電磁波により、物体を不可視化する “フィラデルフィア計画”。第２次大戦中に米海軍が行った実験が、極秘裏に再開された。だがその影響により、７０年間消息を絶っていた駆逐艦エルドリッジが現代に出現。瞬間移動を繰り返すエルドリッジが作り出す時空間の裂け目により、世界はパニック状態となる。その頃、エルドリッジと共にタイムスリップして来たガードナー大尉は、自分の孫娘であるモリーと出逢う。そして地球を壊滅の危機から救うため、暴走するエルドリッジを止めようとするが…。