ウィリーとの別れから数年後。17歳になったジェシーは、自らを変えてくれた海への恩返しのため、海洋調査のアルバイトを始める。そこで知り合った少年マックスと仲良くなるジェシーだったが、マックスの父は違法捕鯨業者でウィリーの群れを追っていることが明らかになる。ウィリーを、海を守るためジェシーとマックスが立ち上がる！ウィリーとジェシーの友情を描いたハートフル・アドベンチャーの完結編。