ブルーと妻のジュエルが３羽の子どもたちと共に、リオデジャネイロからアマゾンの原野へと旅をする。そこに広がるジャングルの中で、ブルーたちは長く行方不明だったインコの種族を発見する。ブルーはそこに溶け込もうと、復讐心に燃えるナイジェルとやりあい、ジャングルの木こりを引き受け、そして何よりも恐ろしい相手、義理の父と対面しようとする。