元気で好奇心いっぱい、カクレクマノミの子供ニモは、初登校に大喜び。でも、ニモは同級生たちに度胸のあるところを見せようと、心配性の父マーリンの制止を振り切ってサンゴ礁の外に出たことから人間にさらわれてしまいます。マーリンは、"ニモをさらったボートを見た"と言う、親切だけど物忘れのひどいドリー（ナンヨウハギ）を相棒に、ニモを探す果てしない海の旅へ出ます！