モンスター・シティ最大の会社、モンスターズ株式会社。仕事はシティのエネルギー源である子供たちの悲鳴を集める事。サリーとパートナーで大親友のマイクとのコンビは完璧。だが実はモンスターの方こそ子供たちを心底怖がっていた。彼らは人間の子供は有毒だと信じ、例え靴下一枚でもシティへの持込みを禁じた。そして歴史を揺るがす大事件は突然起こった。仕事を終えたサリーの前に小さな人間の女の子が立っていのだ！会社に知られれば自分たちも隔離されるためサリーとマイクは追跡を逃れこっそり少女を人間界に戻そうとするが。