ロシアの中枢クレムリンが爆破され、その容疑がイーサン・ハントのチームにかけられる。米大統領は国家としての関与を否定すべく“ゴースト・プロトコル”を発令。彼らの所属する極秘諜報機関IMFは存在を抹消されてしまう。孤立無援となったイーサンたちは、独力で事件の黒幕をつきとめ、さらなるテロを未然に防ぐという不可能に近いミッション遂行を余儀なくされる。