第一線から退いて、諜報機関IMFの教官になったイーサン・ハント。だが教え子のピンチをきっかけに、彼は現役復帰を決意。強大な敵オーウェンが狙う"ラビットフット"の正体を探る。しかし、イーサンの婚約者ジュリアを誘拐されてしまい・・・。