1941年12月7日の日本軍による真珠湾への奇襲攻撃。戦争の早期終結を狙う山本五十六大将の命により、山口多聞や南雲忠一がアメリカ艦隊に攻撃を仕掛けたのだ。大打撃を受けたアメリカ海軍は、新たな太平洋艦隊司令長官に、兵士の士気高揚に長けたチェスター・ニミッツを立てた。両国の一歩も引かない攻防が始まる中、日本本土の爆撃に成功したアメリカ軍の脅威に焦る日本軍は、大戦力を投入した次なる戦いを計画する。真珠湾の反省から、日本軍の暗号解読など情報戦に注力したアメリカ軍。情報部のレイトン少佐が、次の目的地をミッドウェイと分析、限られた全戦力を集中した逆襲に勝負を賭ける。遂に、アメリカ軍のカリスマパイロット、ディック (エド・スクライン) 率いる爆撃機が出撃。空母、軍艦、潜水艦、戦闘機など、あらゆる近代兵器を駆使した壮絶な激突へのカウントダウンが始まった──。