ネズミの師匠スプリンターのもとで忍術を修業した、突然変異で人間大に巨大化した4匹のカメ、レオナルド、ラファエロ、ミケランジェロ、ドナテロは、悪の忍者軍団フット団を壊滅させる。しかしボスのシュレッダーと副官タツは生き残り、逆襲を狙う。シュレッダーはカメたちの突然変異の原因である化学廃棄物“ヘドロ”を利用し、専門家ペリー教授を誘拐してミュータント・モンスターを作り出す。さらに自身もヘドロを浴びてスーパーシュレッダーに変身し、タートルズに戦いを挑む。