ニンジャ・タートルズは離ればなれになって逃げ惑う。レオナルドはリーダーだが率いる兄弟がいなければ何者なのか？レオは兄弟を救うためにビショップと彼女の作ったメカゾイドたちを止めなければならない。

マイキーは兄弟を救うため、ビショップのインターンのロッドの助けを借りる。だがロッドは見返りを求め、ミュータントになりたいと言い出す！窮地を抜け出すため、マイキーは責任を取らなくてはならない。

メカゾイドと悪名高きギャング、パープル･ドラゴンズに挟み撃ちに遭っては、ラファも腕っ節だけでは太刀打ちできず、頭を使わなくては切り抜けられない！

ドナとビショップの知恵比べが始まり、ドナはメカゾイドを止めるため、ニューヨークの地下鉄を駆け回る。だが自分の動きを読んでいるAIをどうすれば倒せるのか？