20年以上もの間、CIAの現場で孤独に活動してきたベテランの殺し屋（アーロン・エッカート）。彼は新聞の求人欄に掲載される暗号メッセージを頼りに、ひたすら指令を実行し続けていた。しかし、長らく行方不明だった彼の娘（アビゲイル・ブレスリン）が、突如として目の前に現れる。彼女は現在、英国MI6のアナリスト（分析官）として働いており、父に衝撃の事実を告げる。CIAの上司は数年前にすでに亡くなっており、彼が所属していたCIAの部門はとっくの昔に閉鎖されていたのだ。自分が誰の命令で、一体何のために殺しを続けてきたのか—。偽りの指令に操られていたことを知った父と娘は、協力して真の黒幕を突き止め、この巨大な陰謀の真相を暴こうとする。信じていたものがすべて崩れ去る中で、二人の運命は、そして世界の運命を救うことができるのか—。