南太平洋のケルマディック海溝で、深海採掘ロボットが消息を絶った。海洋開発会社の社長・フォードと国際海底機構のサラは、調査のため深度3,400mの海底へ向かう。彼らがそこで目にしたのは、海底火山の活動で覚醒した伝説の巨大怪獣だった…。