メガ･シャークの襲撃から1年後。世界は経済危機に陥り、国際情勢の緊張は高まるばかりだった。そんな中、大西洋沖で不法採掘をするロシアの漁船が、巨大なサメを引き上げる。そのサメは、メガ･シャークの卵から再生された新メガ･シャークだったのだ。一方ウクライナでは、テロリストの手によりもう1つの脅威が目覚めようとしていた。それは、旧ソ連がアメリカとの核戦争に備え発明した、巨人型兵器「コロッサス」だった…。