エジプト・アレクサンドリア港。一艘の貨物船が、巨大な氷山を輸送していた。そして水温の高い海域に入った時、突如氷山がひび割れ、その中から巨大なサメが現れる。それは、過去にニ度も世界を滅亡の危機に至らしめた、“メガ・シャーク”であった。巨大なワニ“クロコザウルス”との戦いにおいて、海底の奥深くで息絶えたものだと思われていたが、三度現れた“海の王者”は、その獰猛さが増したかのように各地で暴れ回る。国連は、すぐさま世界の全海域を封鎖。まだ試運転前であった史上最強の兵器“メカ・シャーク”を、急遽出動させるが…。