旅の浪人、柴左近は、代官松下宇左衛門支配下の村で騒動に出遭う。凶作と重税に苦しむ農民が代官の娘を人質にして水車小屋にたて篭り、年貢の軽減を訴え出たのだ。持ち前の侠気から農民に加担する柴。悪代官は賞金をつけて不良浪人を差し向けるが、その中の桜京十郎も農民の味方に。そして代官の用心棒、桔梗鋭之助も計略を逃れて駆けつけ、三匹対役人の凄絶な死闘が始まった。