ある夜、虹色の竜巻が世界のすべてを飲み込んだ。晴人とコヨミが目覚めると、そこでは街を行く人々が皆、魔法を使っていた。この世界は科学より魔法が発展した「魔法使いの国」なのだ。やがて晴人たちは、虹色の竜巻によって母を失った少年・シイナと出会う。彼は、竜巻を起こした犯人が、「金色の魔法使い」こと仮面ライダーソーサラーではないかと疑っていた。晴人は真相を探るため、この世界を統べるマヤ大王の居城・エメラルド城へ向かうが――。