1971年、男は悪の秘密結社ショッカーの手で改造人間にされた。その日以来、人間の自由を守るため、男は戦い続けている。彼の名は、本郷猛。この世に誕生した、最初の仮面ライダーである。長年、海外で悪と戦ってきた猛は、ひとりの少女の危機を知り、急遽帰国する。ショッカーが狙ったのは、女子高生・立花麻由。彼女の存在が、かつての最高幹部・地獄大使を復活させるために不可欠なのだ。猛は、ショッカーが麻由を狙う理由を探っていた仮面ライダーゴースト=天空寺タケルや、その仲間たちと出会う。3年ぶりに猛との再会を果たした麻由は、猛への複雑な思いを抱えつつも、少しずつ心を開いていく。しかし、過酷な日々を過ごしてきた猛の肉体は、すでに限界へと近づいていた。なおも麻由を狙い襲い来る、ショッカー怪人たち。その一方で、ショッカーを裏切ったウルガ、イーグラ、バッファルの3人は、新たな組織・ノバショッカーを結成し、恐るべき作戦を始動させていた。麻由の危機、そして日本の最大の危機に、伝説の戦士・本郷猛が「変身」する。命を、愛を、未来へつなぐために。