サトシたちは、大都会ニュートークシティで赤いゲノセクトたちに出会う。すさまじいスピードであらわれた赤いゲノセクトはサトシたちに襲いかかるが、その絶体絶命のピンチを救ったのは、なんと伝説のポケモン・ミュウツーだった。互いの限界を超えたポケモン史上最大最速のスピードバトルへ突入する！