人気TVシリーズ「機動戦士ガンダム00」のその後を描いた劇場版。西暦2314年、130年前に廃船となっていた生体反応の無い木星探査船が地球圏に接近してきた。それは、人類の存亡をかけた戦いの始まりを告げる船だった…。戦いの中、人類の水先案内人たる革新者(イノベイター)へと進化したソレスタルビーイングのガンダムマイスター、刹那・F・セイエイ。彼は、新たな危機の中で、自らの進化の本当の意味と直面する。果たして、イオリア計画の最終段階とは。そして、「来るべき対話」とは一体何なのか…。