アフリカにそびえるAEUの軌道エレベーター付近にあるAEUの軍事演習場では、最新鋭のMS（モビルスーツ）・イナクトのデモンストレーションが行われていた。ユニオンの軍人、グラハムとカタギリは、観客席でそのパフォーマンスを眺めていた。そこに上空から、刹那の駆るガンダムエクシアが、イナクトと対峙するよう会場に降り立つ。血気はやるイナクトのパイロット、パトリックは、ソニックブレイドを引き抜き、エクシアに切りかかるのだった。一方、パーティーが催されている人類革新連盟の軌道エレベーターの高軌道ステーションに、テロリストのMSが近付いてきていた。

ソレスタルビーイングによる突然の全世界に対する武力介入宣言に、各国の首脳陣は半信半疑のまま、他勢力の行動ではないかとも考え、その存在や応対についての議論を繰り返していた。刹那たちは、世界に自分たちの存在を示すべく、長年続いている民族紛争への介入へと行動を移す。ユニオンの軍人グラハムは、デモ会場で目の当たりにしたガンダムの性能に強く興味を示す。

ソレスタルビーイングによるセカンドミッションが終了し、世界はますます混乱する一方だった。そんな中、絹江はソレスタルビーイングを名乗った老紳士の正体を突き止めるが、さらに深まる謎に、考えをめぐらせる。宇宙から地球へと下りてきたセルゲイは、戦局跡地を確かめるべく、セイロン島へと向かう。グラハムとカタギリは、ガンダムの存在を重く見たユニオン軍より、特殊任務部隊への転属命令を受けていた。

人革連領地で軍事介入による死者の慰霊祭が行われる様子をモニタリングするプトレマイオスのクルーたち。そして、世界がガンダムに対して徐々に動きを見せる中、ユニオンに属する南米の国・タリビアがエネルギー供給権を主張し、独立宣言をする。それを牽制するため、軍を派遣するユニオン。さらにガンダムも動き出し…。

アザディスタン王国の皇女・マリナは各国へ援助要請をしようと、アザディスタンを後にした。その頃、日本の学生・沙慈とルイスは、研修旅行のために人革連の低軌道ステーションへと向かっていた。リニアトレイン内での一時的な擬似重力などを楽しむ2人。一方、アレルヤは次の任務のために宇宙へと戻っていて…。

軍需による経済で成り立っているヨーロッパ南部の一国、モラリアは、ソレスタルビーイングの活動から経済が破綻しかけていた。モラリアの技術・軍事力を宇宙開発のために必要とするAEUは、救いの手を差し伸べるべく、支援することを表明し、合同軍事演習を行う。情報をキャッチしたソレスタルビーイングは、それに対し介入行動に移った。大規模のミッションを前に、集結するガンダムたち。エクシアには新しく長短のGNブレイドが、デュナメスにはGNフルシールドが実装される。しかし、モラリアの民間軍事会社には、かつて刹那の行動を管理していた傭兵、アリー・アル・サーシェスの姿があった。