中立コロニーヘリオポリス。ここでの地球連合軍機動兵器開発の情報を得て、ザフト軍が兵器奪取に侵攻を開始する。平和なコロニーが一瞬にして戦場と化した。ストライクが襲撃されるその瞬間に居合わせた少年がいた。キラはそこで、ザフトのパイロットアスランと邂逅する・・・・・・！

ヘリオポリス内に入ったアークエンジェルはクルーゼのシグーと戦闘を繰り広げるが、コロニーシャフトに傷を負わせてしまう。再度侵攻するザフト軍。爆装したジンに囲まれ、反撃の間もないアークエンジェル。徐々にコロニーは破壊されていき、ヘリオポリスが崩壊を始める・・・・・・。

ストライクが救助した脱出ポッドには、キラが想いを寄せる少女、フレイが乗っていた。一方、アークエンジェルは友軍の軍事要塞アルテミスへの隠密航路をとることになる。しかしその動きは、すでにクルーゼに察知されていた。起死回生をかけ、フラガのゼロが出撃する・・・・・・！

仲間を守りたい。その思いだけで出撃するキラは、4機のGに囲まれ消耗し、エネルギーを使い果たしてしまう。ムウはヴェサリウスへの奇襲攻撃を成功させるが、ストライクはフェイズシフトダウン。デュエルのビームサーベルが迫るその瞬間、イージスがストライクを捕獲した！

ユーラシアの軍事要塞アルテミスに寄港したアークエンジェルだったが、その力を欲する基地司令らに謀られ、拘束されてしまう。一方、追撃するガモフは、ニコルのブリッツによりアルテミスに奇襲をかける。ミラージュコロイドを展開したニコルは容易に要塞に取り付くが・・・・・・。