雲、岩、霧、砂。四つの国を守る里の忍が行方不明になった。血継限界の持ち主であった四人の忍を失った四つの大国は、疑惑の矛先を火の国に向ける。疑心暗鬼に陥った大国が戦を仕掛けてくれば第四次忍界大戦はまぬがれない。真相を突き止めるように火の国の大名から指令を下された綱手は決意を固める。一方、一連の事件と時を同じくして、カカシが木ノ葉の里を抜けたことが判明する。忍がせめぎあうこの大陸は、五つの大国が攻撃に備えることにより平和が築かれていた。今、その「かりそめの平和」が、音をたてて崩れようとしている。