フジヨキ台の高校生、麻中蓬は学校帰りにガウマという風変わりな男と出会った。ガウマは怪獣使いと名乗り、行き倒れ寸前だった自分を救ってくれた蓬に何かと絡み始める。そんな時、怪獣が出現した。同時にガウマの持っていた龍の置物が巨大ロボット・ダイナゼノンに姿を変える。混乱の中、蓬はクラスメートの南夢芽、その場に居合わせた山中暦とともにダイナゼノンのボディに取り込まれてしまった。かくしてガウマを中心として、蓬、夢芽、暦、そして暦のイトコの飛鳥川ちせが加わって対怪獣チーム・ガウマ隊が結成されるのだった。ガウマ隊に立ちはだかるのは、ジュウガ、オニジャ、ムジナ、シズムたち怪獣優生思想である。ガウマ隊と怪獣優生思想、仲間と仲間の戦いの果てに待つものは何か？