謎の疫病により、男の人口が女の4分の１まで減少した江戸時代。女が労働を担い、男は子孫を残す宝として大切に育てられる男女逆転の世が誕生して30年。時は元禄、五代将軍綱吉（菅野美穂）の時代。初の女将軍・三代家光の実子綱吉が将軍となり、徳川の治世は最盛期を迎えていた。大奥では後継者を巡って正室と側室の激しい派閥争いが起こっていた。そこに、京から一人の公家がやってくる。その男・右衛門佐(えもんのすけ)（堺雅人）は、かつて家光の時代、大奥総取締役を務めた有功（ありこと）に瓜ふたつだった。類まれなる野心と才覚で巧みに綱吉に取り入り、総取締として大奥での権勢を掌中に収めていく。一方、一人娘の松姫を亡くした綱吉は、政から遠ざけられ世継ぎ作りに専念させられることに。だが、夜ごと大奥の男たちと閨を共にするも一向に懐妊しない綱吉は、次期将軍の父の座をめぐり陰謀渦巻く大奥で、孤独と不安に苛まれていく。