怪人二十面相は捕らわれて獄中にいたが、今も原子炉の秘密設計図を奪う野望を捨ててはいなかった。そして、ヘリコプターを操って劇的な脱獄を成功させる。その後、二十面相は設計図に狙いを定め、それを阻止しようと明智小五郎と少年探偵団が立ち上がる。