葛籠重蔵は伊賀の忍者である。10年前の天正9年、信長、秀吉勢に伊賀を攻められ、妹・あゆらを失い、上忍の柘植次郎左や仲間の風間五平とも別れ下忍の黒阿弥とともにおとぎ峠の庵室に隠れ住んでいた。そこへ訪ねてきた次郎左とその娘で五平の許婚者・木さるは、秀吉を暗殺する仕事を持ってくる。一方、伊賀を捨てて京にのぼった五平は、忍者の暗い世界から人間なみの明るい世界を求めて石川五右衛門と名を改め、京奉行・前田玄以に仕えていた。そして皮肉なことに彼の使命は秀吉を狙う重蔵を捕らえることであった。彼はまた伊賀者のライバルで甲賀者の摩利洞玄の指揮下にあった。かくして、秀吉の命をめぐり、伊賀者、甲賀者の名誉をかけて血で血を洗う宿命の死闘が続く。