前作で悪魔の赤ちゃんの父親だった男フランク(ジョン・P・ライアン)は、続々と産まれる同種の赤ちゃんを保護し、研究所に収容して育成する事に尽力していた。一方悪魔の赤ちゃんの根絶を狙う製薬会社と警察は研究所を探し出し、強行突入をする機会を伺っていた…。