舞台は近未来の地球。超エネルギー・ビムラーを狙う悪の秘密組織ドクーガに、父であり物理学博士の真田博士を殺されたケン太は、スーパーロボット・ゴーショーグンに乗り込む3名のパイロットとともに、グッドサンダーチームを立ち上げて戦いに挑む。