大学柔道部での腕を買われ、北海道警察に勧誘された諸星要一（綾野剛）。26歳で北海道警察本部の刑事となる。しかし、捜査も事務も満足にできない諸星は周囲から邪魔者扱い。そんな諸星に声をかけてきたのは署内でも抜きん出た捜査能力を発揮する刑事・村井定夫（ピエール瀧）。「刑事が認められるには犯人を挙げて点数を稼げ。そのためには協力者＝S（エス）（スパイ）を作れ」と説かれ、自分の名刺をいたるところにばら撒き、裏社会との接触をはかる。ようやく内通を得て、暴力団組員を覚せい剤・拳銃所持で逮捕した功績で本部長賞を授与されるが、令状のない違法捜査に暴力団側が激怒。幹部の黒岩勝典（中村獅童）と面会することになった諸星だが、無鉄砲な性分を買われ兄弟盃を交わす。以降、S（エス）となった黒岩から裏社会の情報が提供されることになる。 1984年、札幌中央署暴力犯係（マル暴）に異動した諸星は、黒岩からロシア語が堪能な山辺太郎（YOUNG DAIS）、さらに太郎からはロシアルートの拳銃横流しに精通するパキスタン人、アクラム・ラシード（植野行雄）を紹介され、共にS（エス）としての付き合いがはじまる。この頃から諸星は摘発数を稼ぐため、ラシードの従兄弟に拳銃をもたせ出頭させるなど、違法まがいの捜査に手を染めるようになる。 要人への銃撃事件の増加を受け、道警本部にも銃器対策課が新設。第二係長を拝命する。上司から新設部署の面子のため、手っ取り早く拳銃の摘発をしたいと相談され、首なし（所持者不明の銃）をコインロッカーに入れ摘発を偽装する。この一件を皮切りに、摘発手段はエスカレート。「銃器対策のエース」と呼ばれるまでになった諸星は、太郎とラシードに交渉させてロシア人から1丁2万円でトカレフを購入。摘発件数を水増しするようになる。 1995年の警察庁長官狙撃事件の影響で銃器取り締まりが強化されると一丁でも多く摘発することが求められ、諸星は銃器対策課から予算を引き出し、太郎とラシードをロシアまで拳銃の仕入れに向かわせる。しかしロシアでは一丁しか購入できず、良心的な値段で拳銃を売る東京のヤクザに打診する。ところが東京のヤクザから購入した拳銃が、一般の宅配便を使って道警本部まで送られてきたため警視庁の知るところとなる。この影響でヤクザからの拳銃の販売価格が高騰。資金不足を補うために、黒岩からの提案でシャブを捌くことで金を作る決断をする。一線を越えてしまった諸星は潤沢な資金で拳銃を購入するだけでなく、公私ともにS（エス）との関わりを深めていく。そして黒岩から更なる大がかりな計画が諸星に持ちかけられ、税関、道警を巻き込んだ＜日本警察史上、最大の不祥事＞の幕が切って落とされる。