「しんのすけ」が誕生して5年。嵐のような平和な日々を過ごしていたある日、屁祖隠ちよめと名乗る女性が野原家を訪れる。「私、しんのすけくんの本当の母親なんです」。傍らには5才の少年、名は珍蔵。突然のことに戸惑いつつも、2人を泊めることに。しかし、その夜、突如謎の忍者軍団が襲い掛かる! ちよめは忍者の里を抜け出したくノ一だった! そして、しんのすけもさらわれてしまう。忍者の里には地球のエネルギー (ニントル) を閉じ込める「地球のへそ」があり、代々「もののけの術」を使って純金の栓で塞ぎ守ってきたという。もし栓が抜けたらニントルが漏れ出し、世界の「明日」は失われてしまう! しんのすけは地球の未来を守れるのか!?