1年後の地球破壊を宣言するも、なぜか椚ヶ丘中学校の落ちこぼれクラス3年E組の担任教師となった謎のタコ型超生物・通称、殺せんせー。潮田渚ほか3年E組の生徒たちは地球を救うため、マッハ20の超速度で動き回るその超生物の暗殺を政府から託されているのであった。2学期を迎え、残された暗殺の時間もあと半年。慌ただしい学園祭が終わり、束の間の安息が訪れたE組。そんな彼らの前に一人の暗殺者が正体を現す。それはE組の一員である茅野カエデ。彼女は隠し持っていた黒い触手を殺せんせーに向けながら言い放つ。「雪村あぐりの妹。そう言ったらわかるでしょ？」茅野の正体に衝撃を受ける生徒たち。そして、殺せんせーはついに自分の過去を語り出した。「先生は…かつて“死神”と呼ばれた殺し屋でした。」