ある日突然、月が爆発して7割方蒸発した。その犯人と称し、しかも来年三月には地球をも爆破するという超生物がやってきたのは、何故か中学校の教室。なんとここで教師をするというのだ。人知を超えた能力を持ち、軍隊でも殺せないその怪物の暗殺を、各国首脳はやむをえず、そのクラス、椚ヶ丘中学校3年E組の生徒に委ねることになる。なんと成功報酬は百億円。落ちこぼれクラス、「エンドのE組」の生徒たちは、卒業までにこの暗殺対象の教師、「殺せんせー」を殺せるのか・・・！？
エピソード1
暗殺の時間
落ちこぼれクラス「エンドのE組」に担任として赴任したのは、月を爆破し、来年の3月には地球をも爆発するという超生物“殺せんせー”だった！政府はE組に殺せんせーの暗殺を成功報酬100億円で委ねるのだった。
エピソード2
野球の時間
3年E組の生徒である杉野は、特技の野球で殺せんせーに暗殺を仕掛けるも失敗し自信をなくしてしまう。そんな彼を心配する渚。殺せんせーは落ち込む杉野にあるアドバイスをするのだった。
エピソード3
カルマの時間
停学中だった赤羽カルマが、3年E組に復帰した。初日から今まで誰もダメージを与えられなかった殺せんせーの触手を破壊するカルマ。彼ならば殺せんせー暗殺を成功させることができるのか！？
エピソード4
大人の時間
3年E組に新たな先生がやってきた。名をイリーナ・イェラビッチ。彼女も政府から派遣された新たな殺し屋だった。着任早々得意のハニートラップをしかけるイリーナ。殺せんせーに色仕掛けは通用するのか！？
エピソード5
集会の時間
3年E組の奥田は殺せんせーに毒薬を飲ませ暗殺をしようとするが失敗する。殺せんせーは奥田に自分を殺せる薬の作り方を教え暗殺に手を貸すのだが・・・。
エピソード6
テストの時間
3年になって最初の中間テスト。E組の生徒達は暗殺さえ成功すればいいとテストに力をいれようとしない。そんな生徒達を見た殺せんせーは生徒達にある条件をだす。
渕上舞
福山潤
洲崎綾
岡本信彦
逢坂良太
岸誠二
上江洲誠
佐藤直樹
