東京。ここでは、人に紛れ人を喰らう「喰種（グール）」と呼ばれる怪人がはびこっていた。読書好きの大学生・金木研（カネキ ケン）は、行きつけの喫茶店「あんていく」で自分の好きな作家・高槻泉(タカツキ セン)の小説を愛読する神代利世（カミシロ リゼ）と出会い、本屋デートをすることになる。自らの運命を変える事故に巻き込まれてしまうとも知らずに…。瀕死の重傷を負うカネキだったが、手術により何とか一命を取り留めるが…。「何を食べても不味いんです」 目覚めたカネキにある異変が起こりはじめ…!?

死体の香りにつられ、喰種であるニシキと鉢合わせたカネキを救ったのは「あんていく」の店員・霧嶋董香（キリシマ トーカ）と店長の芳村だった。喰種としての飢えに悩まされるカネキに、芳村は「ある包み」を渡す。翌日、友人・ヒデ（永近英良：ナガチカ ヒデヨシ）のメールを見て大学に戻ったカネキは、ヒデから先輩の「西尾」を紹介される。それは、前日鉢合わせた喰種・ニシキだった。ごく普通の人間のようにふるまっていたが、帰り道に突然ヒデに襲いかかり、気絶させてしまう。「お前の喰いモン汚しちまったよ」 カネキの前で再び喰種としての本性を現すが…!?

「あんていく」に、喰種の笛口リョーコ（フエグチ リョーコ）とその娘・雛実（ヒナミ）が匿われることになった。ヒナミの寂しげな表情が気になるカネキ。そんな中、カネキは芳村の右腕である四方蓮示（ヨモ レンジ）と共に、人を狩れない喰種たちのための食料調達に行くことになる。一方、東京の喰種殲滅を目指すCCG本局ではリゼの一件から、「あんていく」のある20区が捜査対象に挙がっていた。上等捜査官の真戸呉緒（マド クレオ）と一等捜査官の亜門鋼太朗（アモン コウタロウ）が20区に向かうことになり…。

「美食家（グルメ）」と呼ばれる喰種・月山習（ツキヤマ シュウ）が「あんていく」を訪れた。月山を20区の厄介者だと言い露骨に嫌な顔をするトーカは、カネキに「あいつとは関わらない方がいい」と釘を刺す。だが、月山はカネキの特殊な「におい」に目をつけ、接触を図ってきた。自らの悲劇の始まりでもあるリゼの事が気になるカネキは「リゼ行き付けの店」という月山の言葉につられ、「喰種レストラン」へ足を運ぶ。

体調を崩したトーカの見舞いに訪れたカネキは、トーカが人間の友人・依子（ヨリコ）を大事に思っている事に気が付く。その帰り、カネキは喰種に襲われているニシキを助ける。ニシキを自宅に送ったカネキは、そこでニシキの恋人だという西野貴未（ニシノ キミ）と出会った。貴未は、ニシキが喰種であると知りながら共に生活していたのだ。だが、貴未はカネキの後をつけていた月山にさらわれてしまった。ニシキと共に貴未を取り戻しに行くカネキだったが…。

ヒナミは「あんていく」でカネキに漢字を教えてもらっていた。新しい字を次々と覚えて喜ぶヒナミは、もっとたくさんの字を覚えて父親をびっくりさせたいと、リョーコと共に本を買いに出かけていく。だがその頃、CCG捜査官の草場と中島が、母娘の喰種に絞って付近で捜査にあたっていた。いち早く異変に気が付いたヒナミは、リョーコの手を引いて逃れようとするが…。