有名進学校「椚ヶ丘中学校」の落ちこぼれクラス3年E組に、どう見ても人間ではないタコ型の謎の生物が、突然、担任教師として現れた。その生物は月の7割を破壊し、1年後の3月には、地球破壊をも予告しているという。地球破滅へのタイムリミットが近づく中、謎の生物自ら、なぜか椚ヶ丘中学校3年E組の担任となることを政府に提案したのであった。国家から謎の生物=通称・殺せんせー（ころせんせー）の暗殺任務を秘密裏に託されたE組の生徒たち。なんと、成功報酬は100億円。潮田渚たちE組の生徒は戸惑いながらも、あの手この手で暗殺を試みていくことに・・・。予想外に“担任”として真っ直ぐに向き合ってくる殺せんせーの姿に、少しずつ“ヤル気”が芽生えてくる。はたして、生徒たちは卒業までに目的を果たせるのか？