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1934年、満洲。満洲国外交部で働く杉原千畝（唐沢寿明）は、独自の諜報網を駆使し、ソ連から北満鉄道の経営権を買い取る交渉を成立させる。しかし、ともに闘った仲間たちを失い、失意のうちに日本へ帰国する。新たに念願の在モスクワ日本大使館への赴任を控えていたが、ソ連は千畝に【ペルソナ・ノン・グラータ（好ましからざる人物）】を発動。千畝の入国を拒否したのだ。1939年、外務省は、リトアニア・カウナスに領事館を開設し、その責任者となることを千畝に命じた。そこで新たな相棒ペシュと諜報活動を開始。ヨーロッパ情勢を分析して日本に発信し続けていた。やがて第二次世界大戦が勃発し、ナチス・ドイツに迫害され国を追われた多くのユダヤ難民が、カウナスの日本領事館へヴィザを求めてやって来た。日本政府の了承がないまま、千畝は通過ヴィザを発給することを決断する――