人の姿をしながら、人を喰らう怪人・喰種(グール)が潜む東京。平凡な大学生・カネキはある日事件にあい、喰種のリゼの臓器を移植されたことで、半喰種となってしまう。苦悩するカネキは、喰種が集まる喫茶店「あんていく」で働き始め、そこで女子高生トーカたちと出会い、喰種にも守るべき家族や友人がいることを知る。一方、喰種を駆逐すべく、人間側の捜査官・亜門、真戸が現れ、熾烈な戦いに巻き込まれていく。人の命を奪い、喰い、生き永らえる喰種の存在に疑問と葛藤を抱きつつ、あるべき世界の姿を模索する青年の未来は―