C.E.71。中立コロニーであるヘリオポリスに、突如ザフトが地球連合軍の機動兵器奪取のため侵攻を開始。戦場と化したコロニーで、コーディネイターの少年・キラは、ザフトのパイロットとなっていたかつての親友・アスランと出会う…。