時は1674年。英国王・チャールズ2世により罪を許された大海賊・モーガンはジャマイカ総督に就任。子分たちの名誉回復のため、副臣と共にカリブの海賊掃討作戦に乗り出す。一方、一部の部下たちは政府に反発、モーガンのもとを離れて海を荒らし続けるが…。