深海調査のため潜水艇アンモナイト号に乗り込んだジオ、ピピ、コン博士。水深数千メートルの深海を目指す途中、メタンガスの泡に巻き込まれアンモナイト号が故障。海上のケイとも連絡が取れないばかりか、巨大なダイオウイカとマッコウクジラに襲われ、ジオがはぐれてしまう。ピピとコン博士はジオ救出に向かうが、アンモナイト号のエネルギーは残りわずか…一方、はぐれたジオは、真っ暗な海底で深海生物に取り囲まれていた! はたして極限状態の深海から無事に戻ることができるのか!?「僕は絶対、サバイバルしてみせる!!」