極東の島国・日ノ本。突如現れた不死の怪物・カバネの脅威に対抗すべく各地に築かれた駅の1つ・顕金駅で暮らす少年・生駒は、カバネを倒すための独自の武器を開発する日々を送る。そんなある日、前線をくぐり抜けた装甲蒸気機関車・甲鉄城が顕金駅を訪れ…？