5つの異世界の門が開き、ゼクスと呼ばれる異世界の住人たちが世界に現れて数年、当初は争っていた人類やゼクス達との関係も安定を見せ始める。 主人公、各務原あづみは5つある異世界の1つ、「青の世界」より、自らの病の治療の代償にリゲルと呼ばれるゼクスをパートナーとし、とある学園への入学を命じられる。ゼクスとそのパートナーが集う学園のなかで、あづみとリゲルは世界を滅ぼそうとする存在「イネルマ」との戦いに身を投じていくこととなる 。