暴風や津波に襲われたクラゲ島。神事を司る根吉の田んぼで真赤な巨岩を発見した島人は、これが神への冒涜で、災いの元凶だと判断。区長の立元は、根吉を鎖でつなぎ、巨岩の始末を命じる。そんななか、東京から製糖会社の技師・刈谷が調査で島を訪れ…。