相変わらずの毎日を過ごし、地球侵略をすっかり忘れているケロロ軍曹。今日も冬樹と一緒にガンプラを買いに出かけた帰り道に不思議な祠を見つける。祠の中に迷い込んでしまったケロロと冬樹は、そこに不思議な壷があるのを発見する。祠を出ようとした瞬間、ケロロが壷を割ってしまった！ あわてて修理をして祠の外に飛び出す二人。だが、翌日から街に様々な異変が起こり始めた…。顔やおでこにバツ印がつくと、しゃべらなくても相手と会話が出来るようになるという現象が起こる。だが、それは次第に人々の悪意のみを伝えるようになり、人々はパニックに陥る。そんな頃、古代兵器研究家を名乗るミララという宇宙人が現れる。ミララが言うには、そのバツ印はキルルによるもので、キルルはケロン星の古代最終兵器だというのだ！ ケロロが壷を割ったことにより封印が解けたキルルは、地球を滅ぼすために人々の悪意エネルギーを集めてパワーにしているという。ミララは地球を救う唯一の方法を教えるが…。果たして地球の運命は？ ケロロたちは友情や愛情を取り戻すことが出来るのか？