諫山創による大人気コミックの実写映画化の続編。超大型巨人によって破壊された壁の穴を修復すべく、外壁修復作戦に出発しエレン達であったが、巨人の急襲で窮地に陥ってしまう。調査兵団を率いる“人類最強の男”シキシマによってその危機を免れるが、巨人は侵攻の手を緩めない。そんな中、手負いとなったエレンは、仲間のアルミンをかばい、巨人に飲み込まれてしまう。誰もが絶望しかけたその時、謎の黒髪の巨人が出現し、他の巨人達を駆逐し始めたのだった。その巨人の正体はエレンだった。一体なぜ巨人が現れたのか。この世界は誰が支配しているのか。全ての謎が明かされる。