第三次世界大戦から31年後の2019年。かつての繁栄を取り戻しつつあるネオ東京郊外の閉鎖された高速道路に、ある夜、金田をリーダーとするバイクの一団が侵入した。そこでメンバーの鉄雄が転倒、負傷する。すると、彼は突如現れた軍用へリに収容されてしまった。運ばれたラボで強力なクスリを連続投与され、不思議な力に目覚める鉄雄。ゲリラとアーミーの銃撃戦が始まったネオ東京の街で、謎の軍用兵器「アキラ」の覚醒が予言される。「アキラ」のありかを知る大佐、それを求めるゲリラの少女ケイ。そして暴走する鉄雄と、鉄雄を取り戻そうとする金田の戦いが始まった！