「21ジャンプストリート」で高校への潜入捜査を成功させたシュミット(ジョナ・ヒル)とジェンコ(チャニング・テイタム)が今度は地元の大学で潜入捜査を開始する。ジェンコはフットボールチームの青年と意気投合、シュミットはボヘミアンアート専攻の女の子と仲良くなり、2人は覆面警官としての互いの関係に疑問を持つようになる。事件を解決するだけでなく、互いの関係を見直すことになる…。