地中深くから姿を現したによって散り散りになってしまったハルオたち。ハルオを救ったのは、人類の生き残りと目される「フツア」の民、ミアナだった。フツアはこの地球で初めて出会った人型の生命体で、ミアナには双子の姉もいた。「フツアの神もゴジラに破れ、今は卵を残すのみ。挑むもの、抗うもの、すべて炎に呑まれて消える」という彼女らにハルオは、「これは、人類の手に地球を取り戻す、最後のチャンスなんだ」と語り返す。一方、ビルサルドの指揮官・ガルグは、フツアの持つ矢じりが“自律思考金属体=ナノメタル”でできている事に気がつき歓喜する。それは、21世紀に彼らが富士山麓で「対ゴジラ決戦兵器」として開発するも、起動寸前で破壊されたを構成するものと同じ物質であり、その開発プラントが今もなお、残っている証だった。